使用フォントはなんでしょうか？
OpenTypeFontのPro版でしたら、上下に表示する分数も用意されています。
が、その他のフォントの場合は、分数をインライングラフィックとして作成するか、
カーニングやベースラインシフトを利用して分数を作成するか…でしょうか。

横組限定ですが、よかったら参考にしてください。

1.適当なフレームを作成。もちろん横組。
2.例えば、123456、とテキストをタイプする。1バイト文字で。
3.上記123456を選択して、割注、にする。
4.すると、通常、123456は上つきになる。
5.123と456の間にキャレットを移動。シフトを押しながら改行。
6.すると、全角の高さで、
　123
　456
　と、なりますよね。
7.123を選択して、そこに下線を適用。456分の123が完成。

なるべく、数字が固定幅のフォントを選ぶのがコツです。

確認が遅れてすいません．
YUJIさん，エキストラさんありがとうございます．

YUJIさん
使用しているフォントは小塚明朝Proです．
しかし，open type機能の分数を選択すると斜線のものになってしまいます．

エキストラさん
割注の方法を早速試したのですが，分子の下線だと分子の字数分しか線を引いてくれないので格好悪いです；；
（それとも私のやり方がまずいのかも・・・）

> 使用しているフォントは小塚明朝Proです．
> しかし，open type機能の分数を選択すると斜線のものになってしまいます．

たとえば1/2と入力し、文字を全て選択します。
次に字形パレットを表示させて「選択された文字の異体字を表示」を選択してみて下さい。

YUJIさん，早速の回答ありがとうございます．

>たとえば1/2と入力し、文字を全て選択します。
>次に字形パレットを表示させて「選択された文字の異体字を表示」を選択してみて下さい。

早速試しました，しかし「1/2」の様に主要の物とは違い，「12/33」といった一般的な分数は字形パレットではできませんでした．
やはり，InDesign単体では理系の数式を表現するのは難しいのでしょうか．．．
それとも，他にいい方法があれば教えていただければ幸いです．
どうかよろしくお願いいたします．

逃げ道（？）としては「MathMagicパーソナル」を使って、EPS書
き出しして貼り込む……9800円とお手頃です(^^ゞ
http://www.equinox.co.jp/

本文中にあるとつらいかなぁ……うーんうーん、私なら……フォント作る(笑)

段落境界線か表を使って分数を表現するというのはいかがでしょう。