既知の問題かと

イラレのバージョンがわかりませんが、
CS2なら埋め込んでEPS、
CS3なら埋め込み不要でEPSにしてます。
AI形式は今のところ使ってません。
これがベストかわかりませんが

IllustratorにしろPhotoshopにしろ、InDesignに貼り込むときはネイティブデータにしています。InDesign 2.0の頃からずっとそれでやっています。それで事故になったことはありません。
Illustrator内の画像は埋め込み推奨ですね。いわずもがな。

IllustratorCS2はEPSでInDesignCS2に、
IllustratorCS3はAIでInDesignCS3に貼り込んでいます。
（画像は基本的にリンクのまま）

これまでに、IllustratorCS2にPhotoshopEPS画像をリンクしたファイルで、AI保存してInDesignCS2からフィルム出力したもので画像部分に線が入ったことがありました。

ほかには、InDesignCS3で下位バージョンのIllustratorEPSを出力すると画像のマスクが外れたことがあります。

CS3同士ではEPSでも問題ないのかもしれませんが、今のところ事故もないので、推奨どおりのAI形式でInDesignに貼り込んでいます。

ATさんと同じく、これがベストかわかりません。