フレームグリッドを使用すればよいかと思いますが。。。

画像ではどこを気にされているのかわからなかったです。横のラインは揃っているようですが？

ぶら下がりにならない行の行末にきた句読点を半角扱いにしたいということでしたら、テキストに適用している文字組みアキ量設定しだいです。行末約物半角ベースのものを使用しないと半角扱いにはなりません。ただし、その場合は、当然のことですが行中の文字位置が他の行とはズレが生じる可能性が高くなります。

ナニが不満なのかよく判りませんが。。。

＞右から左にきれいに一文字一文字揃っている感じ

ベタ組みのこと言ってるのかなあ。。。

新潮社の設定でも参考にしてみては如何。
http://www.adobe.com/jp/special/creativesuite/portal/guide.html

お返事遅くなりました。
ご回答ありがとうございました。
説明不足ですみません。添付した画像なのですが、ぶらさがり機能を使うと
行末の旬読点が半角であったり全角であったりしたのが気になりました。
でもこれで問題がないと判断して頂きまして。

pi&puさん、ありがとうございます。雑誌制作の時はフレームグリッドを意識したことがありませんでした。試してみたのですが流し込みをするときれいに収まるので実践してみようと思います。左右の列と若干ずれている文字はカーニングするしかないのでしょうか？

KOUJIさん、ありがとうございます。
わかりました。結局、行末約物半角に設定すると行中がずれてしまいますね。

とくめーさん、ありがとうございます。
新潮社の設定。基本ということでしょうか。参考にしてみます。

行末約物を全角固定にしたところで、結局、行頭・行末に禁則があれば、
行中で文字間調整が行われますから、完璧に揃えることは
現実的に見て、不可能ですよ。
（ぶら下がりにするかどうかは、関係ないと思います。「強制」にしなければ）

行中まで完璧に揃えたら、今度は行末がガタガタになって、
それはそれでかっこわるいものが出来上がると思います。
あ、でも、新聞なんかは、これに近い形なのかな？
（新聞ルールはよくわかりませんが）

それと、句読点（くとうてん）です。「句（く）」。
「旬読点」などという言葉は、見たことも聞いたこともありません。

＞新潮社の設定。基本ということでしょうか。

いや、基本というわけではありません。
あくまで「例」です。書籍の出版を行っている老舗ですし、
そこが「わざわざ名前をだしてまで」公開しているものですから
挙げたまでです。なんら拘泥（こうでい）する必要はありません。
単に、公開されているいちハウスルールでしかありません。