元の画像はどちらにどのように保存していますか？

RedHat 6.2 + netatalk-1.4b2+asun2.1.2-2
RedHat 7.3 + netatalk-1.5.2-3

上記の環境にMacOS X 10.2.5 + InDesiogn 2.0.2で以下の実験しました。

画像ファイル　InDesignのファイルともサーバーに　＞　○
画像ファイル　ローカル　InDesignファイル　サーバー＞○

ファイルは直接サーバーに保存ではなく、ファイルをドラッグでコピー。
InDesignファイルはサーバーから直接開いた場合と、コピーでローカルの
別の場所に移した場合で実験。

いずれも再起動後にリンクが切れる現象は出ませんでした。

熊蔵さん、レスありがとうございます。
うちでは、画像、InDesign、共に、直接サーバーに保存しています。
Photoshop5.5（Classic）

LinuxはRedhat7.1です。

#直接保存が問題?
#実は、Quarkからの乗り換えをするための検証中です。
#Quarkのときは、3.3、4.1ともに、直接サーバーに
#保存していましたが、特にリンクエラーはありませんでした。
#たまに、サーバーの時計がずれ過ぎて（？）、
#「変更」みたいになった時はありましたが。

私は直接保存はやりません。怖いですよ。ネット越しにオリジナルを
直接保存なんて(^^;。
で、申し訳ないですが、ちょっと体調が思わしくないので、その辺の
テストはやっていません。腎臓結石なもんで(^^;。

そうなんですか。。。
今まで5年程、直接、ネット越しにオリジナルを保存してきました。
途中、いろいろトラブルにも遭遇しましたが、それが解消してからは、問題なくやってきました。（Quark3.3 or 4.1）
なので、InDesignでもそのようにやるのが目標なのです。(^_^);

> 途中、いろいろトラブルにも遭遇しましたが、それが解消してからは、問題なくやってきました。（Quark3.3 or 4.1）
> なので、InDesignでもそのようにやるのが目標なのです。(^_^);

それでしたらNetatalk越しにやるよりもWebDAVを構築して
InDesignのワークグループ機能を使った方がはるかに安全です。
PhotoshopもIllustratorも最新版を使えばWebDAV経緯で直
にファイルにアクセス可能です。

Netatalkは、最新版の1.6.2です。
私のホームページ「Macな話」で、設定とか載せてます。
http://www.kitokitonet.ne.jp/～seiji/mac/index.html

KOUJIさんがおっしゃるようにWebDAVでしょうね。
MacOSでのネットワーク越しの保存やファイルオープンは危険ですし、
推奨されていませんから。

GoliathというWebDAVクライアントを使えばWebDAVに直接
アクセスできないアプリケーションでも編集後のファイルのアッ
プロードやダウンロードが可能です。OSX、OS9の両環境で使
えます。
http://park.zero.ad.jp/pautha/Goliath.html

う～ん。そうか。。。WebDAVは、以前、LinuxでApacheに組み込んだことあったけど、動作がのろすぎて。。。（笑）
GoLiveのWebDAV機能使ったことあるけど、同期させるのにすごく時間がかかりそうで、途中であきらめたこともあります。
なので、あまりいい印象を持っていません。
あと、サーバーは予算的な面から、Linuxを希望です。

チェックイン・チェックアウト機能がないサーバではMacのファイル共有と
大差ない単なるファイルサーバなので、サーバから直接データを開いたり保
存するには向きません。ご希望のことをされるのであればグループワークサ
ーバでないと危険です。
無償ないし安価で手に入るlinuxベースでは現状ではWebDAVしかないと
思いますよ。もっともDTPだと扱うデータが大きいのでネットワーク周りと
かから見直さないとダウンロード/アップロードに時間がかかりますが。
でも、実作業はローカルにダウンロードしてからおこなうことになるので、
作業性は確保できるし直接開くよりも数倍安全です。自動でバックアップ
できることになりますし。

ローカルで作業してコピーする方が断然速いのになぜそのような無茶をされ
るのかわかりません。それと、本格的なグループワークサーバをUNIXベース
で構築したら数千万単位の予算が必要なんじゃないかと思います。それだった
らMacベースでAppleShareIP（もう売ってませんが）とかを使った方がベー
スのOSが同じだけ数倍安全で安価に実現できるんじゃないかと思います。

アドバイス、ありがとうございます。m(..)m
WebDAVの方、前に触っていた時から時間が経っているので、また検証してみようと思います。
#現状でこれまで問題が出ていないためしばらく今のやり方で行くことになりそうです。。。InDesignのリンクの件ですが、Quarkと同じく、同じフォルダなら、いっぺんに再リンクしてくれるみたいなので、収集（InDesignでは、パッケージ？）の時に再リンクをすることにしたいと考えています。