Mac版のInDesign CS3を使っていて同様の症状がでたことがないので、推測でしかありませんが、
ウィンドウ＞ワークスペースで、ワークスペースをほかに切り替えてみても直りませんか？
あるいは、PreferencesのActiveWorkspace.xmlを捨ててみてはどうでしょう？

同じか分かりませんが、似たような質問がアドビフォーラムにありました。

Adobe Japan User to User forums -
ドックが横に長くなってしまいました
http://forums.adobe.co.jp/cgi-bin/WebX/.4ff0bf8c/13

まずは＃８の書き込みにある「すべての環境設定とデフォルト設定を元に戻す」
「Shift+Option+Command+Control キーを押しながら InDesign を起動します。環境設定ファイルを削除するかどうか訊ねるメッセージが表示されたら「はい」をクリックします。」
を試してみてはどうでしょうか。
（疑問なんですが、１回目のメッセージが出ても４つのキーを押したままだと再度メッセージがでます。これって理由分かる方います？ユーザー環境とマシン環境それぞれ削除しているのでしょうか？）

お世話になっております。

1　ワークスペースをきりかえる→だめでした…
2　PreferencesのActiveWorkspace.xmlを捨ててみる→だめでした…
3　アプリケーションのあるフォルダの中の
「Plug-Ins」＞「Text」＞「Paragraph Panel」をデスクトップに移動
インデザイン再起動（警告あり）
Paragraph Panelをもとにもどして再起動→全部一度になおりました！

非常に助かりました。
皆様ありがとうございました！！！