OSX(10.4.11)
InDesignCS3
を使用しています。

あるフレームグリッド内の文字をドロップシャドウを使用して袋文字にした。（角丸の袋文字とするため。）

●ドロップシャドウの設定
モード：通常
色：【紙色】（他の色でも）
不透明度：100％
距離：0mm
角度：180°
サイズ：0.5mm
スプレッド：100％
ノイズ：0％

これをPDF/X-1a書き出し（デフォルトのプリセットを使用しても同様）すると、画面及びプリンタでは出力される文字のふち（ドロップシャドウ部分）が消えてしまいます。
ただし、全てのドロップシャドウが消えてしまう訳ではないようです。
他の効果（光彩など）も同様です。

また、他のマシン（同時期に購入の同型Mac・ソフトや環境もほぼ同様）で
同じようにPDF書き出ししたところ、そのマシンでは思い通り、白ふちつきの文字が出来ました。
再起動をしたり初期設定を捨てたりして、何度か試してみましたが、それぞれのマシンでの結果は同じでした。
Adobeのテクニカルサポートに問い合わせをしてみましたが、Adobe側で再現できないようで、様々なトラブルシュートを経てCS3の再インストールを勧められたので再インストールしてみましたが、結果は同じ。さらに、OS自体を入れ替えてみても全く同じ結果になりました。
ダメなマシンではPDFの生成時間（単層化？）がOKなマシンの時より短い気がします。また、透明の分割統合を「高解像度」（同じ設定の別のプリセットも含む）以外の「中解像度」「低解像度」なら、分割統合されて、ふちがつきます。

現在もさらにテクニカルサポートに質問中ですが、ふと、他の方で同じ現象を経験した方はいないかと質問してみました。
もしも、同じ経験のある方がおられましたら、そのときの状況など教えてください。