タグ付きテキストの配置について

Windows Vista(Indesign CS3)
上記の環境において、ページものを作成しております。

流れとしては、お客さまからのデータ入稿→テキスト変換→流し込みという作業です。しかし特殊文字や検索置換が面倒なため、当社では主にPerlにて一度テキスト整形をし、そのテキスト（タグ付きテキスト）を流し込んでおります。
予め、スタイルを作成しておき本文（というスタイルで）一度すべて流し込みます。
しかし、配置からそのテキストを選び、あらかじめ作成しておいたひながたに流し込むと全て上付き文字（カラーマゼンタ）になってしまいます。
たぶん環境設定が悪いのか、デフォルトがそうなっているのか。自分でも会社の人間にもわかりません。ちなみに流し込む前はちゃんとスタイルを本文にし、文字スタイルなしなどにはしてあります。

よろしくお願いいたします。何かわかりますでしょうか。

タグを見てみないとなんともいえませんが、
常にすべてがの文字がそうなってしまうのなら、環境設定がおかしくなっているかもしれません。
環境設定を初期化しても、同様でしょうか？
http://help.adobe.com/ja_JP/InDesign/5.0/help.html?content=WSa285fff53dea4f8617383751001ea8cb3f-6d1e.html

タグが原因じゃないかもしれません。

ドキュメントの何も選んでいない状態で文字スタイルが選ばれていないか確認してからタグ付きテキストを流し込んでみてください。

上付き文字（カラーマゼンタ）な文字スタイルが選ばれている状態だと、全部上付き文字（カラーマゼンタ）になってしまうかもしれません。