たとえば、WindowsのMS WordなどからDistiller（5.05）で作ったPDFをMacのInDesign（2.0.2）に配置し、
さらにInDesignから直にPDFを書き出した場合、文字化けして困りますね。

いろいろ試したところ、以下の手順を加えるとかなりまともに書き出してくれるようです。

　1.　配置したいPDFをまずAcrobatで開く。
　2.　AcrobatからPS（かEPS）形式で保存。
　　　★PDF内のTrueTypeをType1に変換してPSデータに埋め込む。
　3.　Distillerで再びPDFにする（ジョブオプションでJPEG圧縮はダメ）。
　4.　できたPDFをInDesignドキュメントに配置する。

　気づいた問題点（もっとあるかも）
　・文字検索はできなくなるようです（フォントを変換した時点で）。
　・文字に「ボールド」指定はよろしくないようです（重くなるし、縦組みがおかしくなった）。

もし、機会があればお試しください。