InDesignでは、1つ前のバージョンにしか書き出せません。
なので、InDesign CS4からInDesign CS2へ書き出したい場合には、
一度InDesign CS4から書き出したinxファイルをInDesign CS3で開き、
さらにInDesign CS2用に書き出します。

YUJIさん、ありがとうございます！やっぱりそうなんですね。必ず、バージョンアップをしないとまずいということがわかりました。