InDesign CS3のリンク切れに関してお伺いします。

当社と印刷所の双方とも、同環境（Windows XP／CS3）で
サーバ経由の入稿を行っているのですが、パッケージ後のフォルダを
zip圧縮したデータを先方で開くと「不明または更新されたリンクファイルが
含まれています。更新しますか？」というアラートが出て、リンクが全て外れてしまっています。

※リンクされた.aiや.psdはパッケージ時に収集された最新データです

自動更新ボタンを押せば、すべて自動的に再リンクされるのですが、
このアラートが出る原因と、出ないようにする対策を教えていただけると助かります。

よろしくお願いいたします。