Windowsの事はよくわかりませんが、WordやExcellのデータをDistiller経由でPDFにしたものを、
Illustratorなんかで開いても同様の現象が起こるというような事を聞いたことがあります。
QuarkからEPSを書き出して、Illustratorで開いた場合も、文字組みがおかしくなりますよね。
それと一緒で、Illustratorで開くのは無理があるのかもしれません。

YUJIさん、コメントありがとうございます。
先日、1.0Win版でデータを作成したのですが、
OpenTypePro版にしかない文字がひとつあって、
OSもXPだったのでPDFで書き出して、
Mac版Illustrator9.0で手動で面付けして
出力しようということになったのです。
（アウトライン取ってはっつけますといったのですが、
出力センターの方もいきましょうということだったので・・・）
で、結局文字はすべてアウトライン化して、
EPSで書き出すとPSエラーが出て、
PDFで書き出すとなんとか出力できたのです。
2.0が出たので、同じようにしようと思ったら
このようなことになったのです。
完全に対応している出力センターってないものでしょうか。
まあWin版ですからねえ・・・。
それと、今更ながらですが、いつも勉強させていただいて
おります。QuarkXPress3.3からの乗換えで、
今はInDesignにハマッてます。便利ですよね。
ただ、2.0はもう少しパフォーマンスがあがっていても
よかったのでは？