Mac版CS3で試したところ、直接書き出し、Distillerともに問題ないように見えます。
時間とマシンに余裕があるようでしたら、試用版のCS4で確認してみてはどうでしょう。

しかし、「ここまでインデント」は毎バージョン、何らかの問題を孕んでいるような気がします（CS4は知りませんが）。妙な個所にアキができる（CS2）のもそうですが、「ここまでインデント」をいれたところとは、微妙にずれたところでインデント（CS3）したり。

これは毎回なるわけではなく、いくつかの条件が重なったときになるようです。
例えば、文字組アキ量設定をカスタマイズしているとか、和文以外の文字（英数、タブなど）が含まれているとか。

osx 10.4.11環境で

「先頭文字スタイルの終了文字」だと
4.05 cs2でも再現しませんでした。

Mac版のInDesign CS4でも問題ないように見えます。
（PDF書き出し、Distiller 7 and 9）

>（後ろの「ここまでインデント」にも打消し線が設定されていないと再現しません）
>「ここまでインデント」や「先頭文字スタイルの終了文字」を行中に２回使うことは，そうないですが，
>幅０の文字としてスクリプト内に使用されていることもあります
スクリプトで処理しているとお見受けしますが、「ここまでインデント」に打ち消し線が設定されないような処理にすればよいのでは？

>幅０の文字としてスクリプト内に使用されていることもあります

すみません、それは私です。文字に囲み罫を設定するスクリプト（http://www15.ocn.ne.jp/~preopen/idjs/idjskakomi.html）で、罫線と外側の文字のアキをなしにした場合に「先頭文字スタイルの終了文字」を行中に２回挿入する処理を行っています。日本語の場合にはそこを「なし」の設定にすることはまずないと思うのですが、欧文の場合、単語間が空白で区切られているため、一つの単語に対して囲み罫を設定しようとすると、（前後が空白ですからわざわざ余白をあける必要がないわけで）「なし」の設定を選んでしまう訳です。
実はこのスクリプト、日本語に関しては縦組み・横組み、行頭・行末など、いろいろテストを行ったわけですが、欧文というものを完全に忘れてまして、それに対するテストは一切行っておりません。
その問題点をアシタカツツジさんが指摘してくださったわけですが、あいにく私はもう完全にCS3に移行しており、現象の確認ができないわけです。ちなみに、指摘をいただいた直後、Win版のCS3で確認しましたが、再現できませんでした。その後私はこのことをすっかり忘れてしまっていたわけですが、アシタカツツジさんがいろいろ再現する条件を検証されて頂いていたということで、非常に申し訳なく思っています。

で、問題のスクリプトを修正することで回避できるのではないかというご指摘ですが、それはこのスクリプトに限った話では可能です。私にCS2環境があって時間が十分にあればそれを回避するように例外処理を設けることは可能です。

私が思うに、アシタカツツジさんは私のスクリプトを修正してこの問題を回避するぐらいのスキルはもっていらっしゃいますので、今回の質問は、単に回避策ではなく、それがアシタカツツジさんの環境の固有の問題かどうか、ここで記述された「ここまでインデント」や「先頭文字スタイルの終了文字」以外にも問題となる制御文字があるかどうかなど、類似した問題に遭遇された方の情報を広く聞きたいのだと思います。
（ちなみに私のスクリプト内では「ここまでインデント」文字は一切使用していません）

＃ですから「文字に囲み罫を設定する」スクリプトを欧文単語に使用する場合は気をつけてくださいね

いろいろ返信ありがとうございました

その後、わかったことです
CS3、CS4ではこの現象は起こらないようです
PDFもDistiller書出しでは起こりません
2箇所の「ここまでインデント」のうち後ろだけ打消し線（下線でも可）がかかった場合起こります

まあ、分かっていればそれなりに対処すればいいのですが、こんな現象もあるという予備知識がないと、InDesignの画面では正しく表示されているのに、PDFに書出すと欧文スペースがズレていて、頭を抱えることになるかと…
当方では学参関係を組版している際に、段落頭の突出しの設定で、「ここまでインデント」を２回使うこともあり、InDesign画面上の確認で校正出し→お客さんからの赤字→オヨヨ… が数回ありました

CS2で作業せざるを得ない方々の参考になればと思います