段落後のアキ＝6.5mmという数値がどこからきているのでしょうか？
本文文字サイズ（15Q）＋行間（10Q）から計算でしたら、25Q/4＝6.25mmではないでしょうか。

見出しをグリッド揃え＝なしに設定して、見出しの文字サイズと行取り幅から前後のアキを計算すると確実だと思いますよ。

スミマセン。書き間違えました。

ちゃんと6.25mmで設定してますので、ズレが生じるというのは事実です。

「1 行アキ」などとシンプルに設定する機能があればいいんですがやっぱり文字サイズと行間を計算して数値を決めていく方法がいいのですね。

助言通り、グリッド揃えの設定も変更してみます。
色々とチェックすべき点があってそこまで目が行き届いてなかったです。
こういった助言やキーワードの一言で迷走から脱する事が出来るので大変助かります。有り難うございます。

サンプル画像をupしてもらえませんか？

サンプル画像をupしてみました。（伝われば良いのですが…）

全ての見出し（大見出しと小見出し）には段落スタイルで
段落前、段落後に6.25mmアキを設定しています。

ただ、大見出しと小見出しと続く場合、両方にアキの設定がかかってる為、6.25mmアキが重なり1行だけでいいのに2行スペースができてしまいます。
（6.25mmアキ+6.25mmアキで合計12.5mmもスペースができてしまいました。）

その場合は段落スタイルではなく、段落パネルで不要な6.25mmアキを消して対策していくしかないのでしょうか？

追加画像になりますが、

見出しの6.25mmアキ設定がダブると大見出しと小見出しの間に2行（12.5mm）空いた場合の画像です。

見出しが連続する数はそんなにないと思われますので、
私の場合ですが、小見出しの設定を２パータン作成します。

①大見出しと小見出しと続く場合→小見出しの前のアキ０
②小見出しだけの場合→小見出しの前のアキ6.25mm

あとはショートカットで使い分けを・・・

> ご相談した際に見出しと本文の間に1行空白スペースを作ってレイアウトを組むのは良くない
ここは何か読み違えているようですが、空白スペースを作るのがよくないのではなくて、改行でスペースを空けるのがよくない、いや、よくないのではなくて、改行でスペースを開けていくと、あとで修正が面倒だよ、って話です。

> 行とり（2行、3行とり）をして1行空白を作るとすると
>→ページの頭なのに1行空いて2行目に見出しが組まれる（見出しがド頭にきてくれない）
これは正常です。ページ先頭でド頭に見出しが来てしまったら、見出しと本文との間のスペースを開けないと、グリッドと文字がズレていってしまいます。また、見出しと本文とのアキが、ここだけ広がってしまっているという意味にもなります。これはおかしいです。
というか、私、読み違えてるかも。状態がよくわからないな……。

> 段落スタイルで段落後6.5mmアキ（レイアウトグリッドが15Q+10Hなので）
> を予め設定してみると→次の行が3行とりの文章がくる時に、
>グリッドと文字がズレていってしまう。（1行単位で設定出来ません）
本文の揃えが、グリッド揃えになっていないためでしょう。行取り見出しも、グリッド揃えになっていないと、正常な形になりませんよ。

画像ですが、うまくいっていない状態のものを付けてもらえませんか？

＞改行でスペースを開けていくと、あとで修正が面倒だよ、って話です。

すみません。「空白スペース」という言葉がいけなかったですね。
改行でスペースを作っていくのが面倒という事で理解してます。

＞本文の揃えが、グリッド揃えになっていないためでしょう。行取り見出しも、グリッド揃えになっていないと、正常な形になりませんよ。

グリッド揃えを見落としていました。
まず、そこをおさえないと進めませんでした。m(_ _)m