不具合はないと思いますが、InDesignから直に書き出したPDFは容量が大きくなるみたいですね。
詳細まではわかりませんが（^^;;

>InDesign2.02から書き出されるPDFとまったく同じ環境でInDesignからpsを書き出してDistillerでPDFにした場合、

InDesignから直接PDFを書き出すよりも、こちらの方がモアベターです。透明効果とかも問題ないし。
あと、関係ないかもしれませんが、ちょっとページ数が多かったり、画像が多いドキュメントを直接PDFにすると途中でInDesignが強制終了したりしますね（Mac OS X10.2.8 InDesign2.0.2）
Acrobat6-proをインストールしてたら、プリントからPDFでもいいかも。

遅くなりましてすいません。
お返事どうもありがとうございます。
やはり、容量大きくなるのですね。個人的な意見としてはなにかしらの見えないゴミが存在しているとおもっています。
Acro6を入手したのでプリントからPDF試してみます。
結果は追ってご報告させていただきます。
ありがとうございました。