異体字の入力について

古文書のような文語調の文章をＣＳ３で入力・編集しています。国→國のような異体字がたくさん出てくるのですが、出てくるたびに一文字、一文字、字形パレットで選択して入力しています。何度も出てくるものはまとめて検索置換で、一括変換していますが、すごく時間がかかっています。
入力しながら、何かの拍子で、くに→変換→國と一発で変換できたことがあり、他の文字もそんな感じでしばらく作業していたのですが、また、何かの拍子で設定が変わってしまい、くに→変換→国→字形パレットで選択→國…に戻ってしまいました（いずれもどこの設定を変えたのか自分でもわかりません…悲）
一度入力した異体字が一発で変換されるような設定など何かやりやすい方法などありましたら、お教えいただけると嬉しくおもいます。
こちらかなり初心者です。こういう類の文書を入力するのに便利な機能ややり方などありましたら、なんでも結構ですのでアドバイスよろしくお願いいたします。

変更したい文字を選び、
字形パレットのオプションボタン
（右向きの三角）を押して、
旧字体を選んではどうでしょうか？

まずエディターソフトなどで、ふつうに原稿を打っていきます。
その後、インデザインに流し込み、
段落スタイルを当ててやります。
その段落スタイルに「旧字体」「エキスパート字形」などを指定してやると、
その書体が旧字体やエキスパート字形を持っているなら、勝手にその字形になってくれます。
（詳細文字形式の「異体字」の項です）

もちろん、それでも一文字ずつ確認しないといけないのはしょうがないですが。

「國」や「學」、あるいは「參」といった、
シフトJISレベルで入力可能な舊字については
異體字變換機能ではなく、テキストファイルレベルで
打ち込んでおいた方が「樂」。

InDesignスクリプト配給所さん（http://www4.tokai.or.jp/high-sea-fleet/）の「連続文字置換用スクリプト.jsx」を利用すれば簡単にできます。
置換リストを作成するのですが、拙ブログでも私なりの置換テーブルを公開しています。
「常用漢字の置換テーブル」（http://d.hatena.ne.jp/works014/20090302）あたりを参考にしていただければ……。
（いつもいつも…自分のブログへの誘導になってしまい恐縮です）