こんにちは。初めて書き込みさせていただきます。
さすがYUJIさん。文字種変換でスペースのトラッキングがとれないのをわたくし見落としていました。で、これすらも解決できる方法を思いつきました。
言語設定を使って検索／置換することです！
InDesignにはフォント／言語ロッキングの機能がありますから、和欧混植のテキストをすべて選択して文字パレットの「言語」ポップアップから「英語：米国」を選択すると、２バイト文字の言語属性を「日本語」にロックして、１バイト文字およびスペースの文字の言語属性だけが「英語：米国」に変更されます。そこで、検索フォーマットで言語を特定して文字列を検索し、字送りを０に置換すれば、１バイトのスペースも併せて一括処理できるようです。