InDesign2.0Jでも小塚明朝（InDesignにバンドル）では益の異体字は表示されません。しかし、おっしゃるとおりヒラギノでは旧字としてリストアップされますね。
ご存じだと思うんですが、IBM拡張外字（115-119区）は、JIS X 0208にも0212にも0213にも規定されていません。だけれどもいわゆるマイクロソフト標準キャラクタセットにはなっています。
Adobe1-4準拠でCMapを参照するフォントは、この領域を機種依存として無視し、ヒラギノ系はwinとの互換性から異体字とするのではないかと思います。
InDesign側で吸収してくれても良さそうではありますけど。。。

市川さん、さっそくの反応ありがとうございます。でも、ちょっと待ってください。
IBM拡張漢字はすべてUnicodeに入っています。また、字形の包摂基準（規準?）
をどう解釈するかにもよりますけど、JIS X0212および0213にも含まれていない
IBM拡張漢字（の字形）は確か40（字形）くらいですよ。
OpenTypeのタテマエはUnicode対応であり、クロスプラットフォーム対応でしょう。
だったら、「IBM拡張漢字は機種依存文字」とは言えないと思います。
要は、AdobeのOpenTypeのGSUBテーブル（だっけか?）の編集ミスではないのかって
話です（ヒラギノでは使えるならば）。もしそうなら、修正パッチなりなんなりを
配布して、何とかすべきでは?　だってこの件に関して一年以上もほったらかし
だったってことでしょ。気づかなかったユーザもユーザですけど。
筑摩書房の全集ものとか、現在でも正字正かなづかいの組版って需要があるんです。
IBM拡張漢字には、いわゆる「正字」も結構入っていてすごく便利なんですよね。
また、通常のMacDTPでは、従来、「とう」小平（中国の）、草「なぎ」剛（SMAPの）、
里見「とん」（小説家の）などが、外字フォントを使わなければ表示すらでき
なかった。商業印刷を云々するなら、こんな漢字は使えて当然のものでしょう?
「美しい日本語組版」「高度な日本語組版」なんて、すぐれたフォントがあって
はじめて言えることだと思う。
それを実現してくれる、ないし手助けしてくれるのがOpenTypeであり、
InDesignであると思うわけで。
これ、ないものねだりですかね?

別に不思議なことではないかもしれないのですが、
ヒラギノで「高」を「はしご高」に異体字切り替えして、
それを小塚明朝に変換すると、
ちゃんとそのまま「はしご高」に変換してくれます。ので、
ここらあたりが現実的なやり方でしょうね。

小塚明朝は、Adobe1-4で
ヒラギノはナントカというのに準拠していると
聞きますが、あれは何といったでしょうか。