dviファイルはTeX（てふ、てっく）で扱うデータだと思います。
世の中には全てTeXで組まれた書籍もあります。
数式に修正が入った場合はTeXでdviファイルを直し、
PDF書き出しをする必要があったように思います。
TeX自体はフリーですので、書店で解説書をお探しになって
インストール・環境構築をなさってみてはいかがでしょうか。

予算が許せば、まずはプラグインですかね。
MathMagic
http://www.mathmagic.jp/
使い勝手はまあまあです。

無料なら、TeX自体が無料なんで、方法はいろいろあると思いますが、
TeXclip
http://maru.bonyari.jp/texclip/texclip.php
ここはどうでしょうか。TeXのテキストを入力し、プレビューしてみて問題なければ、その形のEPSファイル（PDF）がダウンロードできるというもの。

Word 2008の数式機能はTeXは読めないんでしたっけ？ 2007以前と比べて、ずいぶんとよくなっているように見えました。

どちらにしろ、InDesign単体では数式は組めないので、何らかの工夫が必要になります。

文字スタイルやベースラインシフトなどを駆使すれば、InDesignで数式を組むことはできます。（というか組んだデータもあります。かなり力技になりますが．．．）

今日Page2010で見つけたソフトで
数式組版システム「数式マイスター」
http://www.takeda-prn.co.jp/tech/exp-master/index.html
というのもあります。
このプラグインで作成した数式は、InDesignのテキストフレームに数式を展開してくれます。（上記URLにデモムービーがありました）

もしPage2010に行かれる機会がありましたら、いろいろ質問してみてはいかがでしょうか？

このサイトのLinkにある「いんでざいんnoスクリプト」にある
「数式作成支援」はどうでしょうか。
これもTeXを利用したものですが、修正が入ってもスクリプト内で
行えるので手間がかかりません。
但し、細かい体裁の修正が入った時には、TeXの知識がないと
どうにもならないかもしれません。

たくさんの方々のアドバイスありがとうございます。
何分にもまだまだインデザインでさえ使いこなせていない状況ですので、いろいろと挑戦してみようと思います。
今回はありがとうございました。