リストというのは、太字にしたい文字列をお客様がEXCELに入力した状態で入稿されたという意味ですね？

段落スタイルがかかっていても文字スタイルの方が優先されるので、基本的には検索置換で問題ないとは思いますが、対象の文字列の組合せには注意が必要です。

実際のデータを見ない状態ではこの程度のアドバイスが限界かと思いますがいかがでしょうか。

早速のご回答ありがとうございます。
言葉が足りなかったようで申し訳ございませんでした。

＞リストというのは、太字にしたい文字列をお客様がEXCELに入力した状態で入稿されたという意味ですね？
その通りです。単語のリストです。

一つ一つを置換ではなく400個を一括でできる方法はありますでしょうか？

EXCELからタブ区切りテキストで書き出して、市川せうぞーさんのブログにある「正規表現での連続検索置換」を実行すれば一括で置換できると思います。
http://d.hatena.ne.jp/seuzo/20080601/1212331508

ただし、単語の中に違う単語を含んでいるような場合や置換後にも同じ単語を含んでしまうような場合には、思わぬ誤置換になる可能性があります。
たとえば、FatherをMotherに変換した後に
otherをanotherに置換すると、最終的にManotherという単語になります。

>160頁の文字もの

1ストーリーものと仮定して、
http://www.milligramme.cc/weblog/2010/02/indesign-89.html
みたいな方法はどうでしょうか？

> mgさん
試しました。
結果は成功なのですが、気になる点があります。
先のレスに書いた、「対象の文字列の組合せ」です。
najaさんがより具体的に書いてくださっていますが。

たとえば、太字用のスタイルを作った後、リストファイルに"other"が含まれていて、本文中に"Mother"がある場合、"M"は細いまま、続く"other"だけが太くなってしまいます。
質問者さんが処理対象としたいテキストと、お客様から渡されたリストの内容によりますが、本文中に出てこないような特殊な文字列ばかりが処理対象であれば私の意見なぞ杞憂に過ぎませんね。

najaさん、mgさん、いきさん、ご回答ありがとうございます。
特にmgさま、わざわざスクリプトまで作成していただきありがとうございます。

najaさん、いきさんの心配してくださったような単語はリストにはないため、せうぞーさん、mgさん両者のスクリプトとも問題なさそうです。

本当にありがとうございました。

ひと足遅かったけど、私のも。ASです。

http://files.me.com/h_k/o2zbfk

説明
http://gallery.me.com/h_k/101973

ふた足遅かったけど、検索・置換じゃダメかな。
CS2用で検索するテキストを読み込む処理はまだ作ってないけど...。

//検索文字列の指定  
sKeyword = "検索文字";  
//変更スタイルの指定  
sChrStyleName = "変更用スタイル";

//単語の検索
aHitWord = app.activeDocument.search( sKeyword, true, true, false, false );
//ヒットした単語のスタイルを変更
for( i=0; i < aHitWord.length; i++ ){
   aHitWord[i].appliedCharacterStyle = sChrStyleName;
}
alert( aHitWord.length + "単語のスタイルを設定しました" );