InDesign側では、TrueType出力を行う際には、他のレイアウトソフトとは違いまして、
サブセットを埋め込む出力になります。
この時に、RIP側が埋め込まれたTrueTypeを理解する事ができれば出力されます。
RIPの種類によっては、1.理解しないようになっているものや、2.理解した上で、プリンタフォントが
存在しないので、トラブルを回避するために一旦出力を停止し、確認の上出力を実行させるようになっているものもあります。
というように、RIPによっても様々な独自の設定がほどこされていたりするので、RIPはすべて同じものと
言う見解はあてはまりませんので、このような状況がおきてしまうのでしょう。
まさに、最初の投稿でKazushiさんが言われている
>Docucolorだと出力されるのが、Luxelにながすと出力されません。
にあてはまります。
Luxelだと、つなげているRIPの記載がないのですが、2.の場合の可能性がありますので、確認してみて下さい。

また、PageMakerにしても、TrueTypeフォントをフォントデータ（Type42）として、
出力した場合には、上記のように止めてしまう場合もあります。（ただし、PageMakerの場合、
サブセットしないかわりにビットマップとしてラスタライズして出力する事が可能になってます）

したがって、InDesignだけがTrueTypeに対応とか対応ではないとかではなく、また、RIPの種類によっては、
同じソフトを使ったとしても出力環境＆結果が違う事もありますので注意して下さい。
特に、今後はOpenTypeの出現によって、今までとは違うワークフローになることが考えられます。