特色イラレのPS書き出し

macOSX、CS3で地域コミ紙等を作成しております。
記事部分をIndesignで作成し、イラレで作成した広告を張り込んで完成
その後、PS出力・DistilerでPDF化という流れです。

そこで質問なのですが、8や5.5で作られたイラレEPSで、かつ特色が使われており、さらに濃度を減らしてある場合
IndesignからのPS・EPS出力の際に、減らしたはずの濃度が元に戻ってしまいます

説明が難しいのですが、特色で作られたロゴを白抜きで使う場合に
白を指定せずに特色のスライダを0％にした場合などに
元の特色100％に戻ってしまう...という感じです。

入稿条件として特色の使用は禁止、とはしてあるのですが
全てが完全原稿という訳でもなく、確認作業でも漏れる事があるので
出力の設定等で、うまくプロセス分解できないかなと。

イラレCS3だと問題ないのですが、入稿されるEPSは大半が5.5or8という状態でして...

対処法等ご存知の方がいらっしゃいましたらご教示下さい

こんなのもある
http://kb2.adobe.com/jp/cps/233/233679.html

結論的には
「Illustrator 8.0 は非常に古い製品であるため、弊社では製品間の互換性を保つことができませんでした。」かな