テキストフレームを使っているのでは？
２行取りを使いたければフレームグリッドを使ってください。

あと、表組部分は（セル内も含めて）グリッド揃えを「なし」にしておくと良いかと。

>>いきさん
レスありがとうございます。遅くなってしまってすみません。

それが、フレームグリッドを使っているんですよ。
見出しはグリッド揃えの2行取り、表はグリッド揃えなしです。

最初はCSのファイルを開いていじってたのでそれが原因かとも思いましたが、
CS3で新規にファイルを作ってやってみたら、
今度は重ならないまでも、表内のテキストのサイズによっては見出しの位置がやはり変になってしまいます。
うーん、困った。

まったく答えではないですが。
行取り見出しは鬼門ですよねぇ。
CS2ではじめて実装されたときも、
ものすごいバグりっぷりでびっくりしました。
（その後のアップデートで直りましたが）

CS3では直っていますが、
CS2では、見出しなどに行取り見出しが適用してあると、
そのフレームに回り込みのかかったオブジェクトがひっかかったときに
行取り見出しの前後のアキがおかしくなります。
おそらくこれと同じような現象ではないでしょうかね。

>>(-_-メ)さん

そうなんですか。そういえば、CSのときもそんなだったような…

自分としてはInDesignの表機能は使いにくいなと感じていたので、
表が頻出するようなものは別のアプリを使ってたんですよ。
だから今回のようなことが起こるなんてすっかり忘れていましたw
CS3で表スタイル・セルスタイルが設定できるなら
InDesignに一本化できるんじゃないかと思ってたんですが。

ただ、いきさんから提示していただいた例ではちゃんとできていますし、
自分がどこかでマズイ設定をしているのが理由なのかもしれません。
引き続き時間を見つけて実験してみるつもりです。