横組ですよね？
手順に問題がありそうです。
そのやり方では、CS3でも「3-3」となってしまいます。

[前ページ番号]と[自動ページ番号]で希望の結果となりませんか？

間違いました。
[前ページ番号]と[自動ページ番号]でやっていますが、
ならないのです。

当方、CS4はMAC版しかないので、MAC版で確認しました。
MAC版でも「3-3」となってしまいます。
CS4のバグでしょうか......。

※Win版CS5では「2-3」となりました。

海外サイトでも報告されていますね。
やはりCS4のバグのようです。
しかも、いまだにフィックスされていない。
http://blogs.adobe.com/indesigndocs/2009/06/page_numbering_on_a_single_spr.html

今、レスを編集しました。
オーバーライドすればいいんだから、せうぞーさんのoverride_selection 0.3を使えば良いかも（未検証）。
http://www.seuzo.jp/st/index.html

override_selection 0.3を使っても、ダメみたいですね。

とりあえず、ページパネルですべてのページを選択してパネルメニューから
「すべてのページアイテムをオーバーライド」を実行すれば一気に実行できるんですが、
オーバーライドしたくないオブジェクトもオーバーライドされちゃうのが難点です。

全てのケースで通用する回避策とは限りませんが、一応。
http://kstation2.blog10.fc2.com/blog-entry-416.html

ありがとうございます。
バグですか。。。。
いろいろと対応策を考えていただいてありがとうございます。
自分一人だけで完結する仕事ではないので
事故になるかもなので
今回は、CS3で進めることにします。
CS4は、CS3に比べて格段にパフォーマンスが改善されている
（特にBook機能がびっくりするくらい早いですね！）
ので
CS4で進めたかったのですが残念です。

CS5がリリースされましたが、
パフォーマンスは如何でしょうか？
CS4より重くなっていますか？

> 自分一人だけで完結する仕事ではないので
この現象は、実際の不具合を体験していただかないとなかなか申し送りが難しいところですよね、わかります。

> CS4より重くなっていますか？
当方、CS4はほとんど触っていないので比較できません......。
体験版がダウンロードできるので、それを利用して比較してみてはいかがでしょうか？