テキストがヌケることについて

初めまして。同様の質問をmixiにもさせていただきました。

ルビ付の小学生向けの冊子（100p前後）の制作をきっかけに
今年からIndesignを使い始めました。
【環境：OSX 10.5.8、indesign CS4（6.0）】

最近入稿直前になってよくデータを開くときに「フォントがありません」のアラートが出るようになりました。

（同事例1↓）
http://study-room.info/id/studyroom/id2/study22.html

しかし、特に表示はおかしくなく、すべてシステム上動いている書体ばかりで見た目も変わらずデータ上問題ないと思い気にせず作業をしていたのですが、
だんだん気持ち悪くなりフォントをすべて改めて置き換えました。

すると一見、とくに大きくは変わらないのですが、
どこかのテキストがヌケはじめていました。

（同事例2↓）
http://lalala.eaudevie.la/2010/02/05/indesign-cs4%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%B3%E3%83%88%E7%BD%AE%E6%8F%9B%E3%81%A7%E3%83%86%E3%82%AD%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%81%8C%E6%B6%88%E3%81%88%E3%82%8B%EF%BC%9F/

校正のたびに全然関係のなかった部分がヌケたりしているので、
僕たちもクライアントも困っております...。
クライアントへの説明も困っております...。

恐らく（同事例1）の改善方法で「スタイルでルビに特定の書体を設定しておかない」ことにより、フォントの有無アラートはでなくなったので、これがとても近いのかなと
思っております...。
さすが管理人様のページです...。

どなたかこの事例についてお詳しい方がいらっしゃいませんでしょうか？

また改善方法をご存知の方はいらっしゃるでしょうか...？

よろしくお願い致します...。