PDF/X書き出しについて

また質問させていただくことをお許しください。
MacOS X10.28、InDesignCS3.01で作業しています。
作業中のファイルを、試し入稿するためにPDF/Xに書き出そうとしたところ（最終的な入稿もPDF/X-1aでする予定）、以下のようなアラートが現れました。（PDF/X書き出しは「PDF-X-1a_トンボ付」プリセットで書き出しました）

「この文書では擬態または置換えられるフォントが1つ以上あります。これは、選択されたPDF/Xの基準に従ったものではありません。続行すると、有効なPDF/Xが作成されますが、PDF/Xに従順したファイルではありません。」

かまわず書き出してみたところ、一応フォントはぜんぶ埋め込まれていましたが、PDF/Xに書き出す際には、フォントが埋め込まれる／埋め込まれない以外にフォントについては何が問題になるのでしょうか。

追記です。
「PDF-X-1a_トンボ付」プリセットから「互換性」を「Acrobat 5（PDF 1.4）」に変更したところ（元はPDF 1.3）、アラートが出ずに正常に書き出せました。
この「互換性」がなにやら問題になっているのか……と思うのですが、どう問題になっているのかがわかりません。
システムフォルダ以外にフォントが入っているといったことが問題になっているのでしょうか。

そのアラートが出たフォントとは、具体的にどんなフォントでしょうか？
またAcrobat6.0をお持ちなら、PDF/X-1aで書き出したPDFをプリフライトしてみて下さい。PDF/X-1aとして、どこに問題があるのか表示してくれると思います。

いろいろ検証してみて、アラートが出ないようになりました。
結果から申し上げると、私の人為的なミスでした。
お騒がせして申し訳ありません。

何が問題だったかというと、
ある文字列に設定のミスで意図しない部分に圏点（カスタム）が振られていて、
しかもその圏点が「紙色」だったため、こちらが気がつかなかった箇所がありました。
どうやらそのフォント（IWA明朝体オールド・CID ver.4）が原因だったようです。
ただしフォントそのものが問題だったのではなく、
ふつうの本文にそのフォントを適用したところ、
問題なくPDF/X-1aが書き出せました。

YUJIさま、アドバイス、ありがとうございました。

PDF/Xの仕様では、フォントが完全に埋め込まれていることが条件になっています。フォントに関するエラーは無視してはいけません。

又、PDF 1.3を使用しなければならず、これを変更すると、PDF/X準拠ではなくなります。

>又、PDF 1.3を使用しなければならず、これを変更すると、PDF/X準拠ではなくなります。

>>「PDF-X-1a_トンボ付」プリセットから「互換性」を「Acrobat 5（PDF 1.4）」に変更したところ（元はPDF 1.3）、アラートが出ずに正常に書き出せました。

準拠しないのに、アラートも出さずに書き出すソフトって、どうなの？

>>「PDF-X-1a_トンボ付」プリセットから「互換性」を「Acrobat 5（PDF 1.4）」に変更したところ（元はPDF 1.3）、アラートが出ずに正常に書き出せました。

>準拠しないのに、アラートも出さずに書き出すソフトって、どうなの？
「互換性」を「Acrobat 5(PDF 1.4)」に変更した時点で「標準」の「PDF/X-1a」だったところが「なし」になりますね。
ということは、すでにPDF/X-1aで書き出すことにはならず、単にPDF 1.4で書き出されるだけですね。

>>「互換性」を「Acrobat 5(PDF 1.4)」に変更した時点で「標準」の「PDF/X-1a」だったところが「なし」になりますね。

そうですね。プリセットも「PDF-X-1a_トンボ付」から「カスタム」になります。
ちょっと紛らわしい書き方をして、すみませんでした。

No.5007の方は、プリセットの意味をはき違えていられるようです。プリセットは各種の
設定を保存するものにすぎなく、任意の名前をつけることができます。他のプリセットを
元に新しい設定を作ることもできます。

メーカーが用意するプリセットは変更しない限り保証されますが、これを変更するのは自
己責任です。

PDF/X-1aは、何もInDesign CSやAcrobat 6.0のみでしか作成できないもではありませ
ん。PDF/X-1a準拠の設定を用意すれば、Acrobat 4以降で作成できます。例えば、
QuarkXPress 3.3JとAcrobat 4の組み合わせでも作成できます（埋め込める書体を使う
必要はありますが）。PDF/X-1a準拠のチェックは、今のところAcrobat 6.0か他社のユ
ーティリテーでしかできません。（このことをきちんとメーカーは説明していません。）