リンクした図形が欠ける

InDesign CSでIllustrator 10のデータを配置したところ、単純な矩形のみが何本か横線が入ったように欠けてしまいます（アルファベットの『I』など）。Acrobat Distiller 6.0 × Illustrator 10でも同様のバグがあります（バーコードなど）。
Illustrator CSで保存し直すと直るようです。Illustrator CSはなるべく使いたくないのですが、使わざるを得ないのでしょうか？
何か分かることありましたら教えて下さい。よろしくお願いします。

Illustrator10で点線を使用していませんか？
もし使用していたら、その点線を一番上のレイヤーに移動させるとどうなりますか？

あまり自信がないので、はずしていたらすいません。