目的（商業印刷物を作る／自分のプリンタで出力する／Web用のPDFを作る／Epubを作る／Flashを作るなど）が分からないので誰も答えようがありません。極端なことを言えば、

自分で楽しむ限りは、人に迷惑を掛けないのでどんな方法でもよい。してはいけないことがあるなら、InDesignではできないか、警告のメッセージが出る。

ということです。また、InDesignのバージョンやOS、あるいは取引先によっても異なりますので、あらゆる場合の一般論というのはありません。

お～まち様回答ありがとうございます。

情報が不十分ですみませんでした (><;)
InDesign CS4を使用しています。OSはMacです。
目的は商業用印刷物をつくります。
今まで、パンフレットやチラシなどページ物以外の印刷物を作成していましたが
この度、冊子を作らなくてはいけなくなり、大慌てで勉強しています。

リンクファイルは同じ階層に保存するや、文字はアウトラインをとるなど
今まで慣れていた方法とは違い大変戸惑っています、、
(冊子はリンクファイルが多いので別フォルダに保存したり、文字はそのまま
送るんですよね？)

印刷会社はまだ決まっていませんので、どんな印刷会社に入稿しても
対応出来るように、透明処理は使わない様に作成したり
フォントも印刷会社だったら持っていると思われるモリサワ系を使用する予定です。
InDesignのデータそのままか、PDFに書き出すか、どちらかで入稿すると思います。

そして、勉強していたら最初に質問致しました所が分からなくて書き込みいたしました。
どの方法が入稿した時一番エラーが少ないのか、もしよろしければ、アドバイスお願いします。