>　手作業か置換／検索で、本文に適用してある段落スタイルを行取り「1」にしていけば大丈夫のようですが、

上記の方法か、索引マーカーを選択して「垂直」比率を98％以下にすることでもいけるようです（「水平」でないことに注意）。
ただ、索引マーカーは「検索／置換」がきかないので、面倒ですね。
タグ付きテキストで、検索マーカーに垂直比率を変更する文字スタイルを一気に適用するという手もありますが……。

いずれにせよ根本的な解決策はなさそうですね。
Adobeさんには早急な改善を望みたいところです。

ドキュメント内のすべての索引マーカの「垂直」比率を一括で変更するJavaScriptを作ってみました。
下記のソースを「適当な名前.js」で保存し、InDesignのインストールフォルダ内の「Presets→Scripts」の中に保存して
スクリプトパレットから実行すれば、お望みの結果になると思います。
ただし、索引の階層がすべて「レベル1」であるという前提です。
あと念のため、バックアップファイルで正常に動くかご確認の上、お使い下さい。

//以下ソース

myVerticalScale = 98; //フレームグリッドで設定した「水平」比率の値
var myDoc = app.activeDocument;
for (i = 0; i < myDoc.indexes.length; i++) {
var myIndex = myDoc.indexes.item(i);
for (x = 0; x < myIndex.topics.length; x++) {
var myTopic = myIndex.topics.item(x);
for (n = 0; n < myTopic.pageReferences.length; n++) {
var myPageReference = myTopic.pageReferences.item(n);
var myStory = myPageReference.parentStory;
myOffset = myPageReference.storyOffset;
myStory.characters.item(myOffset).verticalScale = myVerticalScale;
}
}
}

おやじさま、丁寧なご返信ありがとうございます。
スクリプトは、いままで敬して遠ざけておりました。

バックアップファイルではきちんと成功したみたいです。
ただ、ぜんぶをチェックしてみたわけではないので、
800ページ分をじっくり検討してみます。

続きの作業中に気がついたのですが、
文中に半角欧文（大文字）、たとえばIBMとかUSAなどで、
縦に回転させた文字列を索引にとると、
マーカーのせいで文字がフローしちゃいます。
行のズレは回避できたと思ったら、
少しずつ文字がずれていて、たまに行が増えてしまっていました。
というわけで、いまやり直し中です。
急ぎご報告まで。

索引マーカを「字取り1」にすればよさそうですよ。
スクリプトで処理するなら、No.5059の

myStory.characters.item(myOffset).verticalScale = myVerticalScale;

のうしろに

myStory.characters.item(myOffset).jidori = 1;

を加えてみるとよいかもしれません。

追記。
気になったので、実験してみたところ、垂直比率を変更しなくても字取りを「１」に変えるだけで期待どおりの結果になりました。
ですので、

myStory.characters.item(myOffset).verticalScale = myVerticalScale;

の行は不要ということですね。
いずれにせよ、おかしな仕様ですが……。

何度もすみません。
No.5099はうそでした。
やはり垂直比率を変えないとだめですね。

おやじさま
いつもありがとうございます。

またまた変なことが──。

あるページのいちばん最初の語を索引に採ると、
索引マーカーが前のページのいちばん最後に来てしまい、
結果、索引を生成すると、該当ページではなく、
ひとつ前のページがひろわれてしまいます。

簡単に言ってしまうと、
該当単語と索引マーカーがページをまたいで分離してしまいます。

索引マーカーの字取り・行取り、垂直比率といったことでは
どうも解決できなさそうです。

でも、まさかそんな仕様ではないと思いますので、
どこかの設定だと思うのですが、
どこを設定すればよいか、お教え頂けないでしょうか。

質問ばかりで申し訳ありません。
InDesignについて、いろんな本を読んだのですが
どれも索引については通り一遍にしか触れられていなくて、
なんだか暗中模索状態です。

追記
上記の問題がグリッドの長体によるものなのか
正体でも起こるのか、今日はもうダウンで未検証です。
追ってご報告します。

> 上記の問題がグリッドの長体によるものなのか正体でも起こるのか、

正体でも起こりますね。やはり「まさかそんな仕様」なのだと思います。
ちなみにマーカと次の文字を「分割禁止」にしても、今度は前後の字間がおかしくなりました。
この回避策（というか最終手段）として私なら、テキストフレーム（フレームグリッド）の末尾にマーカが出現しているもの「のみ」、
マーカと次の文字（索引対象文字の先頭）の並びを入れ替えます。
これなら文字組みがおかしくなることはなさそうです。
一括で処理するなら先日のスクリプトの字取り処理の後ろに

var myParentFrame = myStory.characters.item(myOffset).parentTextFrame;
if (myOffset == myParentFrame.characters.lastItem().index) {
myStory.characters.item(myOffset).move(LocationOptions.after, myStory.characters.item(myOffset+1));
}

を付け加えると上で述べた処理を自動で行います。

おやじさま、ありがとうございます。

スクリプト処理の自信がなかったので、
ページ先頭単語について、目視で確認することにしました。
いまのところ、これ以上は変なところは見つけていません。
あとは「索引の生成」のときに、
きちんと該当ノンブルをひろってくれさえすればいいのですが、
この分だと、それもきちんと確認しないと、
ちょっと危なっかしいかもしれないですね。

いままで私はこうした索引の仕様について無知でしたが、
みなさんはInDesignで索引をつくるとき、
こうした仕様は当たり前のこととしてクリアしていたんでしょうか？
他の方の索引製作の事例もちょっと知りたいと思った次第です。

今度、16日にInDesignサミットがあるようですが、
日程があわず参加できないのが残念です。
案内もギリギリ（今日案内が来ました）じゃなかったですか?

OS9,Ver202では、再現できないのでCSのみの不具合ということでしょうか？

>フレームグリッド／縦組み／水平比率98％で作っているのですが、

これってまさか、フレーム自体を98%とか変倍してないですよね？

>これってまさか、フレーム自体を98%とか変倍してないですよね？

はい。
フレームグリッド設定中の「水平比率」を100%未満にすることで再現されます。

なお、ページ先頭の単語に索引を設定するとマーカが前ページ末尾に設定されてしまうバグは、
フレームグリッドの設定などとは関係なく再現されます。

この一連のバグはかなり致命的ですね。

まっくさん、おやじさん、ご返信ありがとうございます。

たしかにグリッドで変倍をかけておりました。
追加の文字やら何やらで途中で知らずに100％になってしまったら
ヤだなと思い、グリッドをいじってしまった次第です。
グリッドはやはり正体に限りますね。
というか、「グリッド」は正体でないと、本来は意味ないですね。

どういう条件で起こるのかまだわからないのですが、
ひろい上げたノンブルを「索引の生成」でテキストにすると、本来は

100, 109, 200, 210, 400, 420,

のようになるところが、たまに

100, , 200, 210, 400, 420,

みたいにノンブルが欠けます。
再現性が確認出来次第追ってご報告します。

WinのCSで確認しました。
マーカが前のフレームに行ってしまうのは致命的ですね。
どうするかなぁ