>自社はサーバでデータを管理し、

文面から想像するに、管理と言うよりネットワ－ク上の共有フォルダにコピーしているだけですよね？
WebDAVやバージョン管理をしているのですか？

>自分のやった仕事は自分のmacの外付にバックアップしているのですが、

質問とはちょっとずれますが、どれが最終データなのでしょうか？
そのサーバをバックアップすれば良いと思うのですが。

>リンクがバックアップ用の外付HDになってしまいます。

そのサーバには毎日どのようにアップされているのですか？
配置画像はどこに置いて作業しているのですか？

>HDをおとしてから作業していますが、

意味が理解できません。
HDを床に落とすということですか？

状況がよく分からないのですが、作業員は一人ですか？複数人で一つのドキュメントを作業する前提ですか？
毎回作業終了時（サーバへアップするとき）に収集して差分アップすれば簡単だと思いますが。まあこのやり方だと作業者もしくは共有フォルダのPCの時計が狂ってると、ファイルのバージョンは信用できなくなりますが。
もしくはVersion Cueとかバージョン管理をするサーバを使うとか。