すみません、追加です。
基本的に位置がずれるのは縦組の時です。

http://support.adobe.co.jp/faq/faq/qadoc.sv?220545+002
とか
このサイトのStudy Room 2.0J No.8
とか
http://support.adobe.co.jp/faq/faq/qadoc.sv?224301+002
あたりの情報を参考に検証してみるとよいのではないでしょうか。

小塚フォントのバージョンは合わせてありますか？

> お客様のデータ（WIN 2.02J 小塚G）で“　”が使用されていますが、当社で開くとイ
> チがずれます
> （括弧の向きが反対になり“あ”　が　”あ“になります）
> 当社で「字形パレット」から選択して、縦組用を選択し治すと
> 大丈夫ですが、お客様の環境と当社では何がちがうのでしょうか？
> 当社は小塚ゴシックSTDフォントです
> 現状はお客様からｐｄｆ にて入稿してもらってます。

話がよく見えないんですが、PDFで入稿されたデータを開くんですか？
ということはInDesignではなくAcrobatなどですか？

それと、「お客様の環境と当社では何がちがうのでしょうか？」と
書かれていますが、「お客様のデータ（WIN 2.02J 小塚G）」は
わかりますが、御社の環境が一切書かれていません。

PDFではなくオリジナルデータでも同じ現象なのか、PSプリンタで
出力してもおかしいのか、などもう少し詳細を書かないとコメント
できません。

＞小塚フォントのバージョンは合わせてありますか？

　症状からいえば、これが一番怪しいところですね。
　小塚はメーカーの話では３バージョンあります。タイムスタンプで確認してみてください。
　先方の状態が正しいとすると、御社のバージョンが新しい（2003年版）ものと推測されますが^^

皆様、有り難うございました。
やはりCS インストール時によるフォントのバージョンが原因
でした。

古いバージョンのインデザインで作成されていても、PDFにて入稿してもらえれば（フォントが埋め込みになっていれば）、
そのままセッターには落とすことができるので何とかはなりました。

各アプリケーションのバージョンの差違に附随する問題が
出力センターではトラブルになることが多く、明確な理由がわかり大変助かりました。

有り難うございました。