連続で申し訳ありません。
おわかりになると思いますが、３行目「IんDesign」→「InDesign」です。
よろしくお願いいたします。

基本機能だけでは多分（一発では）できないと思います。
文字組アキ量設定をできるだけ最適のものにした上で、
検索置換機能で「）」や「^9（数字）」を検索し、
確認しながら「文字後のアキ量」属性を置換していくしかないのでは。
スクリプトとかを使えば、一発でできますけれども。

自分でも使いそうなので、作ってみました。
基本形です。

//以下サンプル
//文字列を選択後に実行
myText = app.selection[0].contents;
myStartPosition = app.selection[0].characters[0].index;
var myStory = app.selection[0].characters[0].parentStory;

myRegExp = /([）］〕】〉》」』’”｝][注註＊\*★☆（\(]*[\d０-９]+[）\)]*)/g; //場合によっては変更の要あり

if (myRegExp.test(myText)) {
while ((myMatch = myRegExp.exec(myText)) != null) {
myTargetStartPosition = myStartPosition + myMatch.index;

if (myStory.characters[myTargetStartPosition + 1].position == Position.superscript) {
myTempLastPosition = myTargetStartPosition + myMatch[1].length - 1;

for (i = myTempLastPosition; i >= 0; i--) {
if (myStory.characters[i].position == Position.superscript) {
myTargetLastPosition = i;
break;
}
}
myStory.characters[myTargetStartPosition].trailingAki = 0; //閉じカッコの後ろをベタに
myStory.characters[myTargetLastPosition].trailingAki = 0.5; //注番号後ろを半角アキに
}
}
}
alert("おわり");

おやじさま、スクリプトまで示していただきありがとうございました。
スクリプトを使えばできるのだろうなと思いつつ、スクリプトについて初心者なもので自信がありませんでした。
これを機にスクリプトについて勉強しようと思います。

ところで話は変わるのですが、今回の処理をとりあえず手作業でやってみて思ったのですが、皆様は「段落コンポーザ」をお使いになっているのでしょうか。
カーニングと「文字後のアキ量」で調整しても、同一段落の２ヶ所以上で行うと、意図しない結果になることが多いです。
今回のことに限らず、カーニング等を使う際には「段落コンポーザ」は使用できないと思ったのですが、デフォルトは「段落コンポーザ」になっているのでどうなのかなと思ったのです。

段落コンポーザを使うと、修正箇所より前の文字組が勝手に変更されることがあるため、
私の場合は普段から使わないようにしています。
ちなみにマニュアルにも

> 段落コンポーザを使用したときに、その組版結果が意図しないものになる場合があります。
> このような場合には、単数行コンポーザを使用することをお勧めします。

とありますね。

>段落コンポーザを使うと、修正箇所より前の文字組が勝手に変更されることがあるため

　そのため、うちでは段落コンポーザは禁止です^^

おやじ様、ron.様ありがとうございます。
こういうことは実際に使用されている方に伺うのが一番参考になると思い質問してみました。
やはり段落コンポーザの使用は考えものだということなのですね。
何故、段落コンポーザがデフォルトになっているのかは不明ですが（Adobe推奨なのでしょうか）、InDesignに限らず「何故これがデフォルト？」と思うこともままあったりはします。
改めまして、追加の質問にまでお答えいただきありがとうございました。