EPSの張り込み画像について

ご意見をお願いします。
2.02でも、CSでも起こった現象なのですが、イラレで造られたゴロなどが、
張り込むとボックスの地が白くなり、ベースの色が反映されません。対策として、「EPS」からイラストレータの
保存形式に戻したら、ベースの色が出てきたのですが、トリミングが替わってしまいました。
これはなぜなのでしょうか？　EPSにして不具合があるとは思えないのですが、
イラレのバージョンの差でしょうか？それともイラレのなんらかのフィルタを使うと出る「バグ」なんてあらるのでしょうか？
心当たりのある方は、ぜひ教えてください。
よろしくお願いいたします。

イラストレーターデータに、透明効果やぼかしなどを使っていますか？

使っていません。
アウトラインされたロゴのみです。

　表示が高品質表示になってないというだけでは？

　と書いたが、プレビューでも透明になるものがありますね。透明になってないものでも、一旦開いて保存し直すと大丈夫だったりしましたが、どうなんでしょう（ちなみに、8.0.1のEPSで確認）。

－　IllustratorからEPSで保存する際、TIFF形式プレビューの8bitカラーを選んで
　背景が抜けるプレビューをつけることもできます。
　(PICT形式プレビュー付EPSはWinで使えないし…略)

－　プレビューを付加していないEPSを配置、またはInDesignに配置する際
　配置オプションでポストスクリプトをラスタライズを選択すると
　InDesignが抜けるプレビューを作ってくれますね。
　(EPS運用(=できればレイアウトソフトに負担をかけない)の意味が無くなる気が…)

AI形式にしたらトリミングが、変わってしまったって話は、
まったく別物なので比較してどうという説明は困難な気がします。
#Illustratorのバージョンにもよりますし (^^;)。

以前、私も同じ症状が出て、その時は急いでいたので原因は追及せず、コピペしてオブジェクトにして使いました。
その症状になったIllustratorのデータは素材集からもってきたもので、古いバージョンのIllustratorデータでした。
主にIllustratorのデータは8.0.1を使っており、こんなことになったのは初めてで、唯一考えられることはその古いバージョンのものを新しいバージョンに保存しなおしたということだけでした。
ただ、ネイティブデータで貼るとトリミングが変わってしまうというのは、貼り込むときに読み込みオプションを表示させると、トリミングがオプションで出てきて選ぶことができるから、そこの違いかも？
ちなみに私はepsでもネイティブでもトリミングは変わりませんでした。