書体情報が残る

MacOS9.2.2で、InDesign2.0.2を使っています。

書籍をモリサワのNew-CIDフォント（ほぼリュウミンLとMと中ゴ）で作っています。
入稿する前にデータをチェックしていたのですが、プリフライトで情報を書き出したところ、使用していないフォント（今回は新ゴとリュウミンR）が使用リストに表示されてしまいました。［フォントの検索］でも表示され、［前候補］で検索しても使用されている場所に飛ばず、置換も出来ません。
段落スタイルや文字スタイルも確認したのですが……。

基本書体ですし、出力に渡す分には今回は問題は無いかとも思ったのですが、こういう症状がどうして起こってしまうのか、もしご存じの方がいらっしゃいましたら、回避方法も含め、教えていただけませんでしょうか。

どうぞよろしくお願いいたします。

私も前にこの症状になったことがあります。
症状的にはリッチテキスト形式でテキストをペーストしたりすると、ルビのフォントに使用していないはずのフォントが適用されていることがあります。
ルビの書体を明示的に変更していない場合にはストーリーで全部選択してルビ設定を表示させ、ルビのフォントを（自動）に変更することでプリフライト結果が期待通りになると思います。
また、配置ＥＰＳの内部にあるフォントはグラフィックフォントだったと思いますが、そちらで表示されます。
置換できないと書かれているので、多分ルビだと思います。
ちょっと見てみてください。

流星さま、回答ありがとうございました。
教えて頂いたように、変更してみたら大丈夫になりました！
配置EPSはありませんでしたので、やはりそこに問題があったようです。
本当にありがとうございました。