私は新しいバージョンが出るたびに新機能を調べているんですが、その機能のスクリプト命令は見つけられませんでした。
そのときはUIからしか指定できない機能なのかな、と思いました。使うことがなさそうだったので、そのままにして忘れてました。
もし見つけたら、私にも教えてください。代替案でもいいです。

段落スタイルであれば、段落スタイルには、初期スタイルとして[段落スタイルなし]というスタイルがインデックス1に存在しています。これはパレットには表示されません。「スタイルとのリンクを切断」とはこのスタイルを適用して、なおかつオーバーライドはそのままにする状態のようです。
選択域であれば、以下のようにすればいいようです。

tell application "Adobe InDesign CS3"'s document 1
apply paragraph style selection using paragraph style 1 without clearing overrides
end tell

without clearing overridesを省略するとオーバーライドが消去されて元の書式が初期化されてしまいます。
以下の方法は、この状態と同様の結果（初期化）をもたらします。
tell application "Adobe InDesign CS3"'s document 1
set selection's applied paragraph style to paragraph style 1
end tell

sekita さんが正解を書いてくれましたので、私はCS2の場合で。
tell document 1 of application "Adobe InDesign CS2_J"
   apply style every text of every story using paragraph style 1 without clearing overrides
end

CS2だとapply paragraph  style がapply styleに。

CS3縲廚S5は sekitaさんので統一されているようですね。

用語説明でいうと、Text Suite→apply paragraph style

文字スタイルも付いている場合は、
先にapply character styleの処理をしてからやった方が良かった気がします。

お～まち様、sekita様、小泉様　ありがとうございます。
まさに「迷わんよりは問え」でした。
これで前に進めます（笑）
本当にありがとうございました^^