>Help等を読んでみたのですが、よくわかりません。

ほんとに読んだ？すべて書いてあるよ。

file:///C:/Program%20Files/Adobe/Adobe%20InDesign%20CS/Help/1_11_6_4.html

なるほど、配置オプション「境界線ボックス」でAIファイルを配置するとき、
文字オブジェクトの周辺には顕著な空白ができますね。
PDF形式でも一緒。#当前ですけど (^^;)。
#ちなみにOS X+Illustrator CSで確認。

「アート」で配置っていうのは、
PDFに含むことが出来る寸法情報の1種「ArtBox(=アートサイズ)」で配置すること。
Illustrator PDFにはArtBox情報が含まれているので、
オブジェクトピッタリのサイズで配置したいというこの場合、
「アート」で配置が正しい方法です。

次に「境界線ボックス」で配置。
PDFに「境界線ボックス」という情報は無いと思います。
おそらく最低限の寸法情報「MediaBox(=メディアサイズ)」しかないPDFを配置
するときのためにInDesign側で概ね予想して取り込むのではないでしょうか。
数センチの小さい絵なのにメディアサイズ(例えばA4)でベタッと配置されるよりはまし
という程度の機能。だから多少不正確でも仕方がない気がします。

とりあえず、一旦「アート」で配置した後、次からはドラック&ドロップで配置すると
「アート」で配置の設定が継続されるようですが、いかがでしょう?

#ちなみにIllustratorでオブジェクトメニューのトンボを付けて、PDF(やAI)形式で保存すると
#トンボ位置がArtBox情報になります。
##・・・けど「トンボ」で配置は「TrimBox(=仕上がりサイズ)」で配置のことです。
##ヘルプでは、トリムマークって書かれてたりするようですけれども。。

MM岩手さん、ご丁寧なお返事をありがとうございます。

@@@・・・さんに「ホントに読んだ？」って叱られちゃったので（気にしてませんが）、私の理解不足だと反省してHelp本文を読み返していたところでした。でも、何度読んでもやっぱり私にはよく解らなくて・・・（恥・・・）

MM岩手さんのお返事を読んで、よく解りました。明日からスッキリ作業できます。ありがとうございました。
またよろしくお願いします。