PDF書き出しについて質問です

InDesignからPDFを書き出すときに、データ書き出しからファイルの種類をPDFにして書き出したものと、プリントからDistillerを選択して書き出したものとでは品質は違うのでしょうか？（どちらが正しいのでしょうか？）　また、Adobeでは全ての環境で等しく見え、出力もされるといっていますが、エンベットすれば必ずそうなのでしょうか？不安定な要素は存在しないのでしょうか？　よろしければご解答おねがいします。

> 品質は違うのでしょうか？（どちらが正しいのでしょうか？）

どちらもPDFとしては正しいです。

> 不安定な要素は存在しないのでしょうか？

PDF1.4ならば限りなく近い状態になります。
ただしデータ作成方法＆表示環境に依存します。