＞例えば、スクリプト内にテーブルファイルのパスを記述するとか、テーブルを直接スクリプトに書き込むといったことです。

可能です。
スクリプトと同じフォルダにテーブルを入れておいて、読み込んで処理させる方法としては、「検索置換設定の保存.jsx」InDesign CS2用ですが、設定ファイルを読み込む部分等はそのまま使えるのではないかと思います。

スクリプト内にテーブルを直接記述する場合は、設定ファイルのテーブル内にダブルクゥート（"）を使っているので、そこの記述に注意がいると思います。

使いやすいように書き直して使ってください。

検索置換設定の保存.jsxがどのように機能するのか、試しに入れてみたところ、私の環境（ Win7 + CS5 ）ではJavaScriptエラーとなりました。
※必要でしたらメッセージの内容をここに記します。

変換テーブルを直接書き込む方法は、もうJavaScript門外漢の私には手に負える領域を遙かに超えてます。
ソースを読むと、おおよその構造はおぼろげながら分かった気になるものの、埋め込むだけでなく外部ファイルを読みに行く処理なども削る必要があるのか等と（本当は分かりもしないくせに）ますますお手上げです。
暇を見つけて試してみます。道は険しいというか挫折濃厚ですが、悪戦苦闘することで何か別の収穫があることを期待して。ありがとうございました。

ちょっと思ったんですが、このスレッド、
過去ログ
http://www2.rocketbbs.com/11/bbs.cgi?id=thats&mode=pickup&no=2083
および梅花藻さんの「InDesignスクリプト配給所」
http://www4.tokai.or.jp/high-sea-fleet/
を知らない方には意味がわからないかも。