参考画像です。

参考画像のようにはみ出すのは、差し替えた画像だけですか。
書き出し設定をPDF/X4に変更すればはみ出さないとのことですが、それ以外は全てはみ出すのでしょうか。


データによっては、ヘルプにある「画像データをフレームにクロップ」のチェックにより結果が変わる可能性もありますが、ヘルプをよく読んだ上でご判断ください。
http://help.adobe.com/ja_JP/InDesign/5.0/index.html


以下は的外れかもしれません（というか、恐らく的外れでしょう）ので参考までに。

参考画像を拝見し、画像の周囲に見られる罫線ですが、フレームではなくpsd側にあらかじめ引かれている罫線なのではないかと考えました。
そして、差し替え前の画像フレーム自体が紙色で着色してあり、差し替え後の画像の天地サイズが減ったために白い部分が出たのではないか、と。

しかし、それではPDF/X4で正常に出力できた理由の説明にはなりませんね、すみません。

いき様
お世話になります。はみ出すのは、差し替えた画像だけです。再リンクしても変わりません。
もう少し調べたところ、ダウンサンプルした場合はトンボを付けるとはみ出さない。ダウンサンプルしない場合はトンボを付けないとはみ出さない。全て「画像データをフレームにクロップ」にチェック済みです。チェックを外しても変わりませんでした。

お世話になります。もう少し調べたところ、画像の拡大率を大きくしたらはみ出さないので、画像のサイズとフレームのサイズが近いときに起こるバグかもしれません。