配置したイラレの画像リンク

MacOSX（10.6.8）InDesign CS4を使用しております。

インデザインに画像込みのイラレデータを配置する際、
今までイラレ上では画像をリンク配置にして
入稿しておりました。特に問題もありませんでした。

ところが、インデザインに貼るなら
イラレ上では埋め込みにするのが基本なんだよという
話を見聞きし、今後入稿の際にどうしようかと
戸惑っています。

どなたか情報をお知りの方おりましたら
ご意見お伺いできればと思います。

よろしくお願いいたします。