インデザインCSのデータを

印刷所に納品するときにとくにきおつけておいたほうがいい設定などはあるのでしょうか？

どういう形態で納品するかで違うと思いますので、
納品先の印刷会社に聞くのが一番だと思います。

なお、プリフライトとパッケージは必ず実行されるといいと思いますよ。