自社内でのコンバートですか？　フォントは同じ物を使うのですか？

そんな大まかな質問では答えづらいですが・・・^^;

なにかひとつ例を挙げるとすれば、フレームグリッドや変形パレットの仕様変更に気をつけることですかね。

つかみ所のない質問で失礼しました。

ひとつの広報紙を分担して組版する事になったのですが、私だけMac使用者です。
最終的に一つのファイルにまとめてデータ入稿する為、WinXPのCSデータにしなければなりません。
Winノートを貸し出されるんですが、１日くらいしか使えません。
時間的に厳しいので、Macで組んでWinに持って行こうと考えました。
で、その時に注意する事は何かな……と思いまして（^^;）

内容は、A4見開き縦書き５段組。大見出しと写真が数点入る程度です。

まず注意すべきは、フォントでしょうか。
OpenTypeフォントなどの、MacとWindowsで同じフォントを使用していないと、
当然、フォントを置き換える必要が出てきます。
フォントによっては、リフローなどの可能性があるかもしれません。

次に、2.0.2とCSでバージョンが違うので、文字組みが変わる可能性もあります。

Macで組んでWindowsに持っていくなら、テキストを細かくチェックした方がいいですよ。

なお、同じフォント、同じバージョン間（サブバージョンも）のやり取りでしたら、問題はありません。

私の所は逆でWin→Macでやっていますが、同じ書体だと今までの所問題は出ておりません。しかし、2.02からCSに持って行くと小塚などのフォントでは異体字（立崎）などがバケます。
また、同じMacでもCS3.0.0からCS3.0.1にデータをもってゆくと縦組みのダブルミニットだけは正常に表示されませんので、縦組みの場合は注意が必要だと思います。

ファイル名等にも注意です。Winでダメな(/*等)文字もあります。