変形の原点をScriptから設定することはできません。またその必要もないと思います。変形の原点は表示や変形の起点を設定するものであり、画像の変形属性を変更するものではありません。

私は、Plug-inで画像のオフセット値を入手していますが、これは回転された画像を内包する矩形の座標から入手しています。この情報で（演算が必要ですが）、回転した画像を同じ位置に貼り込むことができます。Scriptでも同じだと思います。

回転されている画像の左上角の座標が必要なのであれば、三角関数と連立方程式で算出できます。