数字文字列に個別に「文字回転」90度でしょうか。
検索置換で検索文字列「数字」にして、
置換時に属性をセットすると、多少は楽かもしれないです。
2桁は除外ということですから、原則的には確認しながらです。

シェアウエアとして提供しているOTFNumを、InDesign CS2、InCopy CS2用にJNumとして機能を拡張しTools+に付属させました。和文中の数字を2分数字や3分数字、全角記号数字等に変換するPlug-inです。OpenType Proフォント以外にも対応し、1桁及び3桁以上の数字を全角記号数字に変換する、2桁以上の数字を半角とする等の機能を含んでおり、ご希望のように（新聞の本文の形式に）できますが、CS用ではありません。CS用をどうするか決めていません。ご希望ですか？

欧文は、コントロールパレットの段落設定または段落パレットの自動縦中横設定で回転を行わないように設定できます。

＞wbさん
ありがとうございます。文字回転ですね。ちょっと面倒だけど使えそうです。回転させるのは数字ではなく欧文の方が数が少なくてすみそうなので試してみます。

＞川村さん
ありがとうございます。えっと数字はすべて欧文書体を使うので半角を使いたいのです。なので最初からテキストの段階ですべて半角に変換してしまえば言い問題で、とくに全角にする必要がないのですが、それとは別にそのPlug-inはあると便利かなと。
欧文は「自動縦中横設定」で回転しないように欧文を含めるのところにチェックをいれないということですよね？でも「縦組み中の欧文回転」を使うと回転しちゃうので、やはり駄目です。

今のところはやはり文字回転という方法しかないのかな・・・。

上記JNumに「3桁以上の数字を縦組中で回転」という機能を付加しました。「数字を全て半角に」という機能や自動縦中横設定と併用で、ご希望の形式は作れそうですが、間に合わないですね。

＞川村さん
間に合わなくないですっ！！　こういうフォントの設定を使うことはまだ決まったわけではないので（本当言うと手間があまり面倒だったら、デザインナーさんに変更してもらおうかと思ってたくらいで・・・（苦笑））。でも今後このような時に簡単に対処できれば作業効率も良くなり、私としては是非使わせて頂きたいです。
あ、でもCS2用ですか？　今はＣＳ用が欲しいけど、ＣＳ２になるものもそう先ではないような気もするし・・・。う～ん

^9の個数を，文章中の最大桁数から検索していけば，
２桁を除いた数字を回転できると思い、実験。

CSだと
^9^9^9^9^9（^9の個数は文章中の最大桁数）
^9^9^9^9
^9^9^9
ここまで、「置換条件-文字回転90度」で置換
「自動縦中横-1桁まで-欧文は含めない」で処理


2.02だと
^9^9^9^9^9（^9の個数は文章中の最大桁数）
^9^9^9^9
^9^9^9
^9
『単語として検索』をチェック
「置換条件=文字回転90度で置換」

こんな感じになりました。
お役に立つでしょうか？

質問内容を，はき違えていたらごめんなさい

はじめまして，ミユリと申します
よろしくお願いします

ミユリさま、ありがとうございました。
またまた、勉強になりました。メタ文字なんぞ使ったことがなく、「^9」て何？と思い調べました。こうやって使うんですね。ものすごく役に立ちました。ありがとうございました。