ご使用のOS、バージョンが分かりませんが、どのようにずれるのでしょうか？　ダイアログで指定した数値よりちょっぴり離れた、あるいは近い距離で複製されるのでしょうか？　それは前後にばらつきますか？　目で見て分かるほどの誤差でしょうか？（誤差の正確な量はいくつでしょうか？）　あるいは水平方向にずれますか？
こういったところが、分かると、もう少し原因を特定しやすいのですが…。

憶測でいい加減なことを言うと、単位の丸め誤差辺りじゃないかなーと妄想するのですが(^^;)。

水平方向にはズレませんか？ズレは垂直方向のみですか？

当方はその機能でズレができたことはないですね
（繰り返し複製自体あんまり使ってませんが…）

垂直方向に繰り返し複製をしたときは、垂直方向のみにずれます。
ズレの程度は小数点以下がずれて、イメージフレーム同士がほんのちょっと重なる感じです。気にしなければ気にならない程度と言われればそうなんですが、せっかく繰り返し複製を使っているのに、なんでずれるんだ～と、疑問です。
OSはWindows XPで、InDesignのバージョンはＣＳ3.0.1です。
実はその後再び試してみたんですけど、今度はずれなかったんです。それもまた納得いかなくて…。
単にパソコンの調子がおかしいだけだったのでしょうか？