PDF/X-1a形式の見開きで

見開きPDF/X-1aの作成でおかしなことがあったため、報告を。
DTP Transit（2012年1月30日）には関連するような記事がありましたが、こちらでは同様な事例が検索できなかったので。

InDesign CS5.5 Ver7.5.2　MacOSX10.6.8で作成した10ドキュメント計400ページになる書籍で、章ごとに作成した複数のドキュメントをブックに登録し、見開きでPDF/X-1a形式（InDesignのプリセット「PDF/x-1a:2001（日本）」を使用して、「見開き印刷」のみをチェック）で書き出しました（著者用の校正紙だと見開きが好まれるので、見開き状態でPSプリンタから出力するため）。

そのPDFを確認したところ、ある章の各ページの小口側の天にある章柱（各ドキュメントのマスターページ：全てのドキュメントで同一の名前「A-マスター」に配置してあるフレームグリッドに手入力。フレームグリッドは裁ち落とし部分にかかっていない）が、ブックの並びのそのドキュメントのひとつ前にあるドキュメントの柱に入れ替わっていました。
上記の説明ではわかりにくいので簡単に言うと、例えば３章に相当するページに２章の柱が入っている、ということです。
章の全てのページで起こっている場合や、章の最初の数見開きで起こっているなど、発生の規則性はないようです。
また、本文のストーリーや図版等のオブジェクトなどは正しく作成されており、マスターページの章柱の小口側に配置したノンブル（自動ページ番号）なども正しく作成されています。
この各ドキュメント単体で見開きPDFを作成すれば、章柱は正しく作成されます。

同じドキュメントでブックを作り直したり、ドキュメントを「複製を保存」してブックを作り直したり、IDMLで書き出してドキュメントを作り直してブックを作り直したりしてみましたが、再現しました。
ところが、手持ちの同じような作り方をしている他の書籍のブックでは、こうしたおかしなPDFは作成されません。

いろいろ試したところ、このドキュメントでは、PDF/X-1a形式・見開きにしなければ、柱が入れ替わることはないようです。この現象が起きたドキュメントやブックは、見開きPDFで印刷工程に回さないため実害はないと思いますが、どのような法則でこうしたことが起こるのかが不明なので、なんとなく不気味です。
先にあったCS5.5のPDFの裁ち落としバグに関連した問題でしょうか？
ちなみにAdobeのサポートにはこうした事例があったと相談・報告済みです（データがほしいと言われましたが、当然ながら出版物なので渡しませんでした）。

うちでは、InDesign2.0.2の頃に使ってましたが、
CS(3.0.1)の時に不具合が起きたので、
それ以来、信頼しなくなりました。
なので、ゲラ出力や製版出力用データの作成に
InDesignのBook機能は不具合が多いので、使わないことにしています。