Illustratorで作成したパターンをInDesignに貼り込み分割してPDFに書き出ししたい

mac os10.7.3
Illustrator CS3
InDesign CS3
を使用しています、
質問したいのは、Illustratorで作成したパターンをInDesignに貼り込み分割してPDFに書き出ししたいのですが、
Illustrator CS3データ見開き２ページ（左ページは透明効果なし、右ページは透明効果あり、）で作成したデータを総頁数２０頁（１０ファイル）あるので、Illustrator CS3のデータをそのままai保存、オプションのpdf互換ファイルを作成のみチェックを入れています、InDesignに配置してpdf/Xー1aを書き出ししています、その時に透明効果を使用したパターンのページは分割されるのですが、透明効果を使用していないページは分割処理されないので、RIP処理後の出力データがパターンの分割がされていないページはズレて出力されます、やはりIllustrator CS3データを開き「分割•拡張」処理を行ってからInDesignに再リンクを行わないと無理なのでしょうか？何か他に書き出し方法又は設定がありませんでしょうか？
添付画像は例です



透明分割の知識があるようですので、

現在の透明分割設定はInDesignでしているのでしょうから
InDesign上で透明の入っていない頁に透明効果かけて
InDesign側で分割させるとか。

お勧めはしませんけどね。

流星光輝さま返信ありがとうございます

やはり、それしか方法がありませんよね、Adobe cs６を発表した中にパターンをグレードアップしたと言っていたのですが、正しく出力出来る環境は少ないと思い、事前に回避策がないかと質問したのですが、やはりIllustratorを（分割•拡張前データは残しておいて）分割•拡張を行います、ありがとうございました