内容としてはメッセージそのままで、
JIS2004準拠のAdobe-Japan仕様OpenTypeフォントを
合成フォントとして使用している場合に発生する警告です。

このあたりは以前、当方とworks014さんが
それぞれ自blogで関連するエントリを起こしていますので、
下記ご参照ください。

d.hatena.ne.jp/works014/20080112
dslabo.blog4.fc2.com/blog-entry-1112.html
dslabo.blog4.fc2.com/blog-entry-1113.html

リンクありがとうございます。
ですが、私には高度過ぎて理解ができませんでした・・・。

「JIS2004で例示字形が変更された文字について、字形が置き換えられる」というのは、JISで例示字形（←意味が分かっていませんが）を使用した場合に、
CS3の5.0よりも上のバージョンで開いた場合に置き換えられてしまうことがあると知らせてもらっているということなんでしょうか？
ちなみに、私のCS3は5.0.2なのですが、このCS3（5.0.2）で作ったのなら、
それより下のバージョンで開くべきということなんでしょうか？
ややこしいです。

ともかく、JIS2004であるという印の、末尾にNが付くフォントなどは、避けた方が良さそうですね。

ものすごく簡単にまとめてしまうと
「CS3以下のバージョンはJIS2004フォントに対応していない」と
いうことです（リリース以後に出てきた新規格等に対応できない）。
よって、使用自体が推奨されない、ということになります。

そして字形が変わる可能性が高いのが合成フォント機能です。
通常使用では（一部の例外を除いて）勝手に置き換わることはないはずですが、
注意するに越したことはありません。

ここで気になるところは「なぜN付きフォントを使っているか」で、
そこがわからないと避けたり置き換えていいのかの判断はつきません。
よって制作者への使用意図確認が欠かせません。

また蛇足ですが、本件であれば、個人的には下位バージョンで
開くようなこと自体を避けるのが確実だと思います。

最後に、文字関連の処理は現状、複雑な状況になっていますので、
少なくともフォントの種類とそれで表示される文字セットおよび
字形表現の差違くらいは押さえておくのがベターです。