そもそも、ルビはプレーンテキストでは扱えませんから、エディタへペースとしたときにルビが消えてしまうのは、仕方がないとして。

ここで本来ならRTFを使えば、といいたいところなのですが、ルビ付きの文字列をRTFに書き出すと、親文字もろとも消し飛ぶという壮大なバグがあります。OpenOffice系のアプリで親文字がなくなってしまうのは、このせいなのではないかと思います。

面倒かもしれませんが、WordをクッションにしてJeditへペーストすれば、ルビ文字は親文字のあとにパーレンで囲まれた形で再現されます。

Ksitigarbhaさん、どうもありがとうございました。