InDesignの質問ですよね。
ご参考までに、私の環境はWindowsXP＋InDesignCSです。
# せめてInDesignのバージョンはお書きください。

あなたがデフォルト設定をした状態で新規作成した書類（単純に用紙設定しただけの状態でＯＫ）を、どこか適当な場所に保存しておいてください。
支給されたデータなどを開いた後、文字組みアキ量設定のダイアログから「読み込み」ボタンを押し、保存したデフォルト書類を指定すれば、その設定が使えます。

優先度については、優先度が高い（数字が若い）ほど先に処理をするという意味にすぎません。
……うーん、これ以上の説明は文章ではしづらいなぁ。

そうですね、詳しく知りたければ、「Adobe InDesign 文字組み徹底攻略ガイド」大橋幸二さん著・WORKS　をおすすめします。

優先順位とは、追い込み処理を行うときにどの順位でアキを狭めるかの設定です。JIS規格や出版社のハウスルールとかによると、例えば、読点のアキよりは括弧のアキを先に縮むように設定するためにあります。

いきさん、マッカリーさん、さっそくありがとうございます。
やはり「読み込み」しか方法はないんでしょうかね～。
バージョンは、あえて書かなかったのですが、バージョンがあがると「読み込み」しなくてもよくなるわけではないですよね～。
「優先度」は「2」よりも「1」の設定のほうが先に詰まると考えていいわけですね。逆に「9」にすればつまることはないということですかね？

行内の文字によりますが、たとえば行内のアキが優先度「９」しかない場合は追い込みをするためにはつまります。因みに「なし」は「１０」と等しいです。

> バージョンがあがると「読み込み」しなくてもよくなるわけではないですよね～。

もしそうなったら、何かの都合でうっかり文字組みアキ量設定を編集・保存してしまったら、次にその設定を使用した書類を開いた時、困りませんか。
同名の文字組み設定が存在する場合、ドキュメントを開くたびに「アプリケーション設定を使用」、「ドキュメント設定を使用」ボタンがあればいい？　それはそれで煩わしいような気がします。。。

あと、ウチの１部の仕事では、文字組みにうるさいお客様のお仕事について、ミスを避けるためカスタム設定だけを登録して作業してますし。
ほぼ似たような理由から、普段から文字組プリセットのほとんどは非表示にしてます。