メタデータをいじる必要はないですよ。
半角幅のグリフレットを作成してみましたが、
うちでは、縦組みでもちゃんと半角幅で送られました。

レスありがとうございます。その後色々試してみたら実はAdobeの作った外字（字形パレットでみるとCIDコードが65514のものなど）も縦組で全角で送られるということが判明しました。別のPCで試してみても同じでした（こちらのOSもWin2000です）。どうも外字の作り方のせいではないようなのでアドビのサポートに聞いてみます。

Adobeさんから返事が来ました。
縦組と横組の字形が異なる、全角でない文字幅の文字は、横組の場合はOKですが、縦組の場合は全角幅で送られてしまうのはInDesignの不具合で、現状では回避方法はありませんとのことです。
これは重大な不具合なのでアップデートで対応するけれども、現在準備をしているアップデートには間に合わないかもしれないとのことでした。
このことはホームページでも公開するといっていましたのでそのうち載るでしょう。
「文字後のアキ量」で調整したら？　と聞いたら、アップデータを当てると字送りが変わってしまうので絶対にしないで下さいとのことです。
以上、報告します。

ということは近々アップデートが出るらしいということです。では。